「三匹が斬る2」

矢坂平四郎（高橋英樹）：殿様
久慈慎之介（役所広司）：千石
燕陣内（春風亭小朝）：たこ
お恵（杉田かおる）

千石（役所広司）は義賊と呼ばれるはやて小僧・佐吉を捕らえに来た岡っ引き・神田弥吉（佐藤允）に会い実の息子・浅吉（中西良太）がはやて小僧と知り手伝う事になった。
陣内（春風亭小朝）は掏摸にあい文無しになり、殿様（高橋英樹）は無銭飲食で店で働き始めた。
陣内はお糸（伊藤真奈美）を助けるが金貸しの越後屋忠衛門（高城淳一）の娘で、はやて小僧・佐吉と結婚を約束しており佐吉は最後の盗みに越後屋を狙っていた。
越後屋は多くの浪人を集め殿様も雇われた。
お恵（杉田かおる）から殿様の事を聞いた陣内は油屋の浅吉を見つけ、みはりの千石に会った。
用心棒達に腕を見せた殿様は、実は金は既に盗み出し空の所をはやて小僧に狙わせる計画を聞いた。
浅吉と陣内が越後屋に忍び込み、後を弥吉と千石が追い、中で用心棒と殿様が待っており斬り合いになるが死ぬ間際の用心棒のひとりに殿様は金の隠し場所を白状して死ねば義賊・はやて小僧になれると誘い、浅吉ははやて小僧でなくなり、金が見つかりお糸と浅吉は結ばれた。

人里はなれた旅籠「おたき」の番頭が上納金を要求する熊三一家に斬られた。
１月後、街道で商売する陣内（春風亭小朝）は熊三一家に邪魔をされ腕のたつ用心棒（中野誠也）がおり、千石（役所広司）は顔の怪我が治らなく、お恵（杉田かおる）と殿様（高橋英樹）は茶店で地震に遭い、お恵（杉田かおる）は熊三一家の勧める宿に行き、殿様は人里はなれた旅籠「おたき」に行った。
旅籠「おたき」は番頭の死後はおたき（宮園純子）と娘・おさよ（鈴木美司子）の２人でやっていたが熊三一家に邪魔され客はなく嫌がらせされていたが、殿様が泊まり相談にのり修理等を行い、熊三一家に頼まれて瓦版を蒔いていた陣内も巻き込んだ。
陣内は温泉を掘り始めて、殿様は大八車で客寄せを始めて、おたきも宿場内まで客寄せに行き熊三一家に捕らわれたが用心棒になっていた千石と殿様に助けられ、殿様と立ち合った用心棒は地震が苦手だった。
地震で宿場の温泉は涸れて、陣内は逆に温泉を掘り当て新しい温泉目当ての客が旅籠「おたき」に押し寄せた。
熊三一家の用心棒は偽の公儀田安家の側室を仕立て、旅籠「おたき」で食事だけしてその後食中毒になるが、殿様は湯にはいらなかった事から偽者を暴き、熊三一家の殴り込みを３匹で返り討ちにした。

殿様（高橋英樹）は三沢宿に入るが活気なく異様で間違われて脇本陣宿に案内され、千石（役所広司）は絹問屋・信濃屋の用心棒をくびになり、陣内（春風亭小朝）は街売りを禁止され、お恵（杉田かおる）は食べる直前の鯛を他に回された。
殿様にお袖（白都真理）が夜這いを命じられて来るが断り、番頭・銀三は噂と異なると怪しんだ。
信濃屋（上野山功一）が殿様を公儀巡回司と間違っていたがその振りで職場を見回り、番頭が近づいた佐助（小林勝彦）を遠ざけ、殿様は宿場を信濃屋が取り仕切っていると知り陣内と連絡した。
千石・陣内・お恵は佐助から宿場に信濃屋が来て役人と結んで悪どく独占し女房・お袖を奪われたと聞き、陣内から聞いた殿様はお袖に確かめた。
個人の事と抜けた千石は本物の公儀巡回司（小松方正）を見つけるが、知らせる前に殿様は捕まるがお袖の助けで逃げた。
佐助宛てにお袖を人質にした呼び出しが来るが宿場の復活が大事と言い、三匹は呼び出し場所に行きお袖を助けるが、元々裏切り者の佐助の手引きで闘いになるが殿様は気づいており、お恵は陣内が作った爆裂弾を投げつけると配合間違いで強力だった。

千石（役所広司）は道に迷い小屋を見つけるが襲われ、娘に止められ助かり宿場で気づいた所でお恵（杉田かおる）・陣内（春風亭小朝）と会い、ちはや（甲斐智枝美）という娘の探索看板を見た。
３人は鯉屋で無銭飲食して働く事になるが千石はちはやを思い出した。
ちはやを探す大黒屋（田口計）は陣屋の家老・別所（神山繁）も頭が上がらないが、公儀献上の錦鯉だけは譲れなく、大黒屋は錦鯉に「ちはや」と名付け、大黒屋は夜に忍びこんで錦鯉・「ちはや」を盗み家老は見つけないと切腹するしか無かった。
殿様（高橋英樹）は大黒屋の池の鯉を釣って追われるが預かった陣内が鯉屋の生け簀に入れると錦鯉がいた。
別所は千石に錦鯉・「ちはや」探しを依頼し大黒屋で娘・ちはや探しを聞き小屋に向かうのを用心棒・村雨（中村錦司）がつけ、大黒屋は殿様に娘・ちはや探しを依頼し子供を助け別所に送り届け錦鯉探しを聞き陣内から錦鯉を預かり別所に届けた。
千石は小屋から娘・ちはやを連れだそうとし家来に止められるが村雨達が殺し、ちはやから勘違いを言われた。
三匹は大黒屋一味を斬り捨てた。

千石（役所広司）は車坂の地蔵でおみね（比企理恵）から足抜地蔵だと言われた。
宿場では天狗政一味が女郎屋を襲い付け火が起き千石が防ぎ、女郎の首吊りが出ていた。殿様（高橋英樹）は良寛和尚（石山律雄）が女郎の死体を大八車で坂を運んで墓に葬るのを手伝った。
千石は代官・三浦（汐路章）から一味を掴まえるのに賞金で誘われ、陣内（春風亭小朝）は街での商売を禁止され、お恵（杉田かおる）は川へ落ちたが百姓・清次郎に救われた。千石はおみねに松吉の仇と言われ、天狗政一味の手引きと気づき、庄屋が百姓に売った新田の金の権利を女郎屋に売り、金の代わりに女を女郎にするからくりを知った。
清次郎が天狗政一味として捕らわれ裁くと表札が出て、おみねは動揺し千石は罠と言った。
良寛和尚が自分が天狗政だと代官所に行くが罠だが、殿様・千石・陣内が乗り込み代官と女郎屋を斬り、金を取り返し女郎達を逃がした。
良寛・おみね・清次郎が車坂を越えていった。

殿様（高橋英樹）は盗賊むささび（藤岡重慶）一味４人が小屋に押し込み元頭・夜烏の藤兵衛を斬り、子供・良吉（雨笠利幸）が逃げたのを目撃し、元頭の隠し金目当てと聞いた。
お恵（杉田かおる）は良吉から行きたい所があると言われ、陣内（春風亭小朝）と千石（役所広司）は宿場で隠し金の噂を聞いた。
むささびは良吉を探し、お恵と良吉は殿様の助けで龍神の湯に向かうが本当は母を探していると知った。
陣内と千石は龍神の湯で、おせい（宮下順子）と会い、殿様は一味のひとりを捕らえ、むささび一味は龍神の湯で待ち伏せた。
お恵と良吉と殿様も龍神の湯に付くが、千石はおせいもむささびが化けた老人も疑った。おせいは良吉の実の母でなくささび一味だが、ささび一味は良吉たちにおせいの命で隠し金の場所を聞き、おせいは斬られ、殿様・千石・陣内はささび一味を退治した。
良吉は隠し金ははじめから無いと言った。

お恵（杉田かおる）は赤目村は亡霊が出ると言われ、千石（役所広司）は村を襲う鬼火一味対策のために代官補佐役・金子（宮口二郎）から用心棒に誘われた。
陣内（春風亭小朝）は村で商売するが人通りがなくお恵と、九官鳥とその主・おさと（斉藤絵里）から家に誘われ武田の末裔・武田助衛門（成田三樹夫）に会い、武田再興を目指していると聞いた。
殿様（高橋英樹）は宿で鬼火一味に村が強請られており、武田はおさととお恵と陣内と九官鳥を隠れ家に逃がし、殿様と千石は代官・柿崎市之進（亀石征一郎）に鬼火退治を要求するがやる気がなかった。
おさとが攫われ武田に隠し金の要求があり、鬼火は誤って隠し金を知っている武田を斬るが、陣内と九官鳥が戻り殿様は鏡好きな九官鳥から古い地図を見つけた。
殿様・千石・陣内は鬼火一味を襲い、九官鳥の事を知っている事から首領が柿崎と見抜き一味を斬った。
殿様は柿崎に地震で地形が変わり、古い地図は役に立たないと言った。

殿様（高橋英樹）は、しの（中村明美）に会い、お恵（杉田かおる）は陣内（春風亭小朝）が毘沙門一家から三枝晋之助（横光克彦）が天神長屋に居ると聞き行くと、おりん（竹井みどり）が共にいた。
しのは毘沙門一家用心棒・石塚（勝部演之）を仇と打ちかかるのを千石（役所広司）が止め、三枝が腕が劣るから仇討ちをしないと思った千石は助太刀を申し出るが断られ、殿様は事情があると考えた。
三枝はしのに武士を止め仇討ちもせず子供が出来ると言い、石塚は本人を始末すれば助太刀は何も出来ないとおりんを騙ししのを呼び出し襲った。
それを知った三枝は駆けつけ殺されたが、三匹はしのを連れて石塚らを仇討ちした。