「三匹が斬る3」

矢坂平四郎（高橋英樹）：殿様
久慈慎之介（役所広司）：千石
燕陣内（春風亭小朝）：たこ
お恵（杉田かおる）

白鳥の宿でお恵（杉田かおる）は千石（役所広司）が道場破りして、追っ手を打ち負かすのを見て、しの（風祭ゆき）という人妻が夫が藩主（山内としお）の銀採掘不正を訴えようとして捕らえられて助けて欲しいと頼んだ。
夫を捕らえたのは殿様（高橋英樹）で、藩主は自ら取り調べ周囲を寄せ付けなかった。
陣内（春風亭小朝）が城に忍び込み、殿様から藩主は不正を知らず家老・浅倉外記（菅貫太郎）と銀山奉行・西條（外山高士）が怪しいと聞いた。
しのからせかされた陣内と千石は城に忍び込み、殿様は銀山奉行から家老・浅倉が主犯と聞き出すが外部の手引きの存在も知り、千石達に告げた。
しのは浅倉との仲を隠す為に、逃げてきた夫を襲うが千石らに阻止された。
殿様は藩主に浅倉の悪行を伝え、征伐した。

殿様（高橋英樹）は剣術試合で負けた自害した坂巻父子を家老・神尾（戸浦六宏）が力不足と言うのを聞いた。
松平直憲と名乗る一行は神尾・藩士（睦五朗）が藩主の名で仕官を求めていて浪人が殺到するが、殿様は金を要求するので不審だった。
千石（役所広司）はそに気になり、老剣士・牧野（土屋嘉男）は娘・千鶴（丸山秀美）と共に最後の機会と思ったが、神尾らは膨大な支度金を要求しかつ藩士との立ち合いがあると言った。
千石と陣内（春風亭小朝）は金を作りに博打に行くが負け、牧野は刀を売った。
怪しんだ殿様は藩に問い合わせ、自ら親戚と化けて直憲に会い正体がより怪しいと知った。
支度金が不足と言われた牧野は諦めるが、千鶴は着物を売って神尾らに頼むと直憲の夜の相手を要求され、それを知った牧野は藩士との立ち合うが竹光で斬られ死に千鶴も自害した。
問い合わせの返事で偽者と知った3匹は行列を待ち伏せて、斬った。

殿様（高橋英樹）とお恵（杉田かおる）は街道を好き放題に唐木藩を目指す拳銃を持った旗本3人・加賀爪らを見つけた。
唐木藩主・遠山（長谷川初範）は加賀爪らからいらがらせを受けていた静（神保美喜）を助け、側室にしており逆恨みされており、家老・山根らは困っていた。
加賀爪らは浪人を雇い城下で騒ぎを起こさせ、殿様は巻き込まれ捕らえられ浪人たちから事情を聞いた。
藩主から助けを求められた殿様は旗本と大名の争いに関わりたくないと断り、加賀爪らを見たお恵は友達の仇と知り驚いた。
藩主や側室を静止して加賀爪と会った山根は騙されて自害したが、加賀爪は無視した。
殿様と千石（役所広司）・陣内（春風亭小朝）は乗り込むが、藩主・遠山らに加賀爪は2万両と側室を要求し、翌朝を過ぎると一人ずつ同行の芸者や街人を殺すと脅した。
陣内とお恵は加賀爪の宿に忍び込み、殿様は藩主から駕篭を借りて側室に化けて乗り込んだ。
加賀爪らを斬った殿様は、駆けつけた藩主に旗本と浪人の仲間割れと言った。

お絹（原田千枝子）と娘・お光が医師・法眼（伊吹剛）に会いに駕篭で来て、殿様（高橋英樹）や駕篭かき・虎三らと知りあった。
和田倉藩・藩主が患い、側室が跡継ぎを狙い殺害を企み法眼を仲間にしていた。
お絹母娘が法眼を訪ねると会うのを断られ、殿様・千石（役所広司）・陣内（春風亭小朝）・お恵（杉田かおる）らに不思議だと言った。
歯痛の千石が法眼宅へ乗り込み薬で治り、立ち合うと剣術も強く、岩本源三が本物の法眼を殺しなりすましていたのだった。
お絹が法眼の顔を見て、偽と知るがお光が攫われ、また歯痛になった千石が法眼から毒薬の試しに飲まされて閉じ込められた。
殿様・陣内が法眼宅へ乗り込み、奇跡的に回復した千石が中であばれ、斬り捨てた。

中村染十郎（御木本伸介）一座の女形（柴田光彦）らと千石（役所広司）は旅をし、お恵（杉田かおる）は料理修行のため京を目指し、殿様（高橋英樹）は京の料理屋・平野屋の女将・きわ（佐野アツ子）と手代と子供と旅をしていたが別れた。
飛脚が襲われ京奉行の密書が盗まれ、殿様は男から着物の交換を頼まれ京へ入ると与力・日下（高野長英）に闇の佐太郎容疑で捕らえられたが奉行・小堀（鈴木瑞穂）が人違いと言い、平野屋で協力を頼まれた。
公家・綾小路（金田龍之介）は佐太郎（目黒祐樹）から密書を受け取り、新しい奉行が来る前に決行すると言った。
小堀は殿様は平野屋の手代が密偵で殺されたと伝え、きわに注意し、殿様を屋敷に連れて行き娘・おとよ（石野陽子）に会わせ佐太郎に殺された男の娘と言ったが、街で佐助（目黒祐樹）と会っているのを見た。
お恵は平野屋に住み込み、佐助も勤めに入った。
染十郎は一行に浪人決起を打ち明け、千石と殿様が会い意見が対立するが裏があると思った。
染十郎が奉行所に捕らえられ牢で殺され、陣内（春風亭小朝）が一座に雇われ千石と会い綾小路から明日決行と聞いた。
殿様は犯科帳の佐太郎と佐助が異なると気づき、おとよとの駆け落ちを勧め、佐助は綾小路に伝え捕らえられ、助けに行った殿様も牢に捕らえられたが佐助に刺青がなく佐太郎でないと判るが佐助は死んだ。
綾小路は闇の佐太郎に浪人決起の隙の金蔵破りと小堀殺しを指示し、陣内がそれを聞き、綾小路は自宅に火をつけ、小堀は殺された。
きわが殿様を助け、平野屋に集まった三匹に陣内が金蔵破りを話し、殿様は本当の闇の佐太郎が誰か気づき、殿様と千石は金を持って逃げる綾小路と佐太郎を斬るが奉行所に捕らえられた。
裁きの場にきた新奉行・板倉は陣内だった。